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RNA修饰是一种转录后水平的调控方式,目前已鉴定到超过150种RNA修饰,它们广泛分布于各类RNA,如信使RNA(mRNA)、转运RNA(tRNA)、核糖体RNA(rRNA)、非编码小RNA(sncRNA)和长链非编码RNA(lncRNA)。
RNA甲基化修饰约占所有RNA修饰的60%以上,而m6A(6-甲基腺嘌呤)是高等生物mRNA上最为常见的一类RNA甲基化修饰。转录本m6A的修饰水平受甲基转移酶(编码器)、结合蛋白(读码器)和去甲基化酶(消码器)的动态调控。
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分析方法:1、TCGA官网下载表达数据、临床数据;数据整理,临床提取;
2、m6A相关基因表达,差异分析得到差异结果,绘制m6A相关基因热图、小提琴图;
3、肿瘤分型subtype,也是本课程最重要的内容,当然也是当前生信挖掘的的重点内容,根据m6A相关基因表达量,把肿瘤样本进行分型、聚类,可以做主成分分析,生存分析,临床相关性分析;
4、接下来构建风险模型,首先做单基因COX分析,找到和预后相关的基因,然后做Lasso回归构建模型,风险生存分析、ROC曲线。
5、风险与临床相关性的热图
6、独立预后分析
最有帮助的评价(6)
答辩完美结束,感谢生信自学网1年陪伴,继续努力,迎接新的研究
果断购买,之前学习过生信自学网的课程,像我这种小白学习也完全无压力,点赞
这么多章节,又是一个好套路,学习发文去了
方便高效,比其他的强太多,只有学了才能体会,一个下午搞一个套路
点赞,这课程是我请光俊老师录制的,哈哈
有一个热点,终于推出课程了,点赞,生信自学网加油