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课程目录:
肿瘤内异质性(ITH)分析简介,软件安装,转录组数据下载,转录组数据整理,临床数据下载,提取临床信息,区分mRNA和lncRNA,GEO数据下载,GEO数据注释,TCGA突变数据下载,计算肿瘤突变负荷,计算肿瘤内异质性评分,ITH评分的生存分析,ITH评分的临床相关性分析,ITH评分的差异分析,提取差异基因的表达量,TCGA表达数据和生存数据合并,GEO表达数据和生存数据合并,预后相关的基因,构建机器学习预后模型,生存分析,独立预后分析,ROC曲线,C-index曲线,列线图,免疫细胞相关性,肿瘤微环境分析,肿瘤微环境差异分析,免疫检查点差异分析,免疫逃逸和免疫治疗,GSEA富集分析,肿瘤突变负荷差异分析,药物敏感性(oncoPredict),药物敏感性差异分析。
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