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内容简介
运用29个免疫相关的基因集,这29个基因集不仅包括免疫细胞种类,在我们之前免疫细胞浸润课程里面,用到的基因集只有免疫细胞的类型,这里还包括免疫相关的通路、免疫相关的功能,所以这些基因集免疫相关的内容是非常丰富的。用这些免疫相关的基因集做分析,就可以很准确的得到每个样本的免疫活性,通过分组就可以得到高免疫组、中等免疫组和低免疫组。
方法:ssGSEA——单样本GSEA的方法,通过这个方法,我们可以得到每个样本的免疫细胞或者免疫功能,免疫通路的活性,然后根据免疫活性进行分组。ssGSEA(single sample GSEA)主要针对单样本无法做GSEA而提出的一种实现方法,原理上与GSEA是类似的。ssGSEA根据表达谱文件计算每个基因的rank值,再进行后续的统计分析。
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