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基于ssGSEA的免疫基因集文章套路视频(单样本GSEA/肿瘤微环境)

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课程目录:

ssGSEA基因集文章talus简介,转录组数据下载,转录组数据整理,id转换,临床数据下载,临床数据整理,ssGSEA分析,聚类分析,通过热图确定免疫分组,肿瘤微环境,肿瘤微环境热图,免疫分组和肿瘤微环境相关性,HLA相关基因表达,免疫分组和HLA相关性,免疫分组和PD-L1相关性,生存分析输入文件准备,免疫分组和生存相关性,免疫细胞浸润,免疫分组和免疫细胞相关性,GSEA输入文件准备,GO富集分析,KEGG富集分析,GSEA气泡图

内容简介

运用29个免疫相关的基因集,这29个基因集不仅包括免疫细胞种类,在我们之前免疫细胞浸润课程里面,用到的基因集只有免疫细胞的类型,这里还包括免疫相关的通路、免疫相关的功能,所以这些基因集免疫相关的内容是非常丰富的。用这些免疫相关的基因集做分析,就可以很准确的得到每个样本的免疫活性,通过分组就可以得到高免疫组、中等免疫组和低免疫组。

方法:ssGSEA——单样本GSEA的方法,通过这个方法,我们可以得到每个样本的免疫细胞或者免疫功能,免疫通路的活性,然后根据免疫活性进行分组。ssGSEA(single sample GSEA)主要针对单样本无法做GSEA而提出的一种实现方法,原理上与GSEA是类似的。ssGSEA根据表达谱文件计算每个基因的rank值,再进行后续的统计分析。

课程亮点

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  • 基于ssGSEA的免疫基因集文章套路视频(单样本GSEA/肿瘤微环境)
    • 产品名称:基于ssGSEA的免疫基因集文章套路视频(单样本GSEA/肿瘤微环境)
    • 产品品牌:生信自学网
    • 录制平台:Win10系统
    • 电脑配置:8G内存
    • 视频课时:23个课时
    • 课程总时长:320分钟
    • 脚本语言:R Perl
    • 资料大小:1.31G
    • 视频格式:本课程为加密MP4视频,需要下载到电脑验证播放学习
    • 视频发送:联系微信:18520221056
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最有帮助的评价(3)

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    匿名用户 2019-09-05 06:42:58

    这个套路关注有段时间了,终于有课程可以学习,生信自学网这上新速度,不错支持

  • 超爱
    匿名用户 2019-09-05 06:41:45

    为什么不早点找到这里,生信自学网的课程确实非常好,通俗易学,可以说没有任何压力啊,而且都是经典套路

  • 超爱
    匿名用户 2019-09-05 06:37:47

    看得出来老师花了很多心思,课程讲解清晰,内容丰富,是学习非常棒的课程,支持生信自学网

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