蛋白互作网络和共表达网络
主要内容:
蛋白互作网络的构建(String)
共表达网络构建
1、表达相关性
2、WGCNA
3、Cytoscape
如果是两个基因,可以直接使用表达相关性的方法,得到表达相关性
如果差异基因数目多,用WGCNA方法来做共表达
蛋白互作网络概念:
蛋白质的互相作用(PPI,Protein-protein interraction)是指蛋白质分子之间存在相互作用,可以从生物化学、信号转导和遗传网络的角度研究这种相关性
PPI网络中的每个节点代表一种蛋白质,节点之间有连线代表它们之间存在相互作用关系。圆圈代表基因,线条代表基因间存在相互作用,圆圈内部的结果代表蛋白的结构,线头颜色代表证明蛋白之间存在相互作用的不同证据。
最有帮助的评价(4)
课程内容非常丰富,学到很多方法,实用好用
构建网络这个课程还是很实用,学习TCGA,用到这个课程结果已经出来了,老师解答还是很到位的。
很多论文都有网络图,学习了这个课程,我也可以加一个,乐老师很赞
这个课程很实用,做共表达分析,PPI网络构建