转录因子结合位点（TFBS）

转录因子

能够结合在某个上游特异核苷酸序列上的蛋白质，活化后从胞质转位至胞核，通过识别和结合基因启动子区的顺式作用元件，启动和调整基因表达。

转录因子

常见：FOXC1，SOX9，CEBPB，CTCF

BRCA1蛋白具有锌指结果、酸性氨基酸区域等，与许多DNA结合蛋白结构类似，提示其可能为一种转录因子。体外实验证实BRCA1蛋白羧基末端的酸性区域与酵母Ga14基因DNA结合位点结合，可充当转录起始因子。

BRCA1蛋白能刺激P21的表达，这些为其是一种转录因子提供直接证据。

转录因子结合位点（Transcript factor binding site，TFBS）是与转录因子结合的DNA片段，长度通常在5-20bp范围内，一个转录椅子往往同时调控若干个基因，而它在不同基因上的结合位点具有一定的保守型，又不完全相同。

位置权重矩阵模型（Position Weight Matrix，PWM）

如果TFBS长度为L，PWM就是一个4行L列的矩阵，这个矩阵中每行对应着一种核苷酸，每列对应着TFBS的一个位置，第i行第j列的元素是TFBS种第j位上出现核苷酸i的概率。一个长度为L的序列与该转录因子结合的概率即为各个位置上核苷酸对应概率的乘积。某段序列与转录因子结合的概率越大，就说明他与转录因子相结合的结合能力越强。

基因上游序列

PWM矩阵