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GDSC数据库数据下载整理及统计分析

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GDSC癌症药物分析数据库 

GDSC数据库简介

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统计分析

GDSC数据库简介:抗癌药物敏感性基因组学(GDSC,Genomics of Drug Sensitivity in Cancer)桑格研究院开发,收集肿瘤细胞对药物的敏感度和反应。癌基因组的变异会影响临床治疗的效果,不同的靶点对药物的反应也有很大不同,因此这类数据对于发现潜在的肿瘤治疗靶点十分总要。

GDSC的数据来自75000个实验,描述了约200个抗癌药物在1000多种肿瘤细胞中的反应。该数据库中的癌基因组突变基因信息来自COSMIC数据库,包括癌基因点突变、基因扩增与丢失、组织类型以及表达谱等。

用户可以从化合物、癌基因和细胞系3个层面对数据库进行检索,癌基因或细胞系对不同药物的反应会被详细列出,并且结果会以图形化的界面加以展示,包括统计分析,火山图及相关文献等。

IC50(half maximal inhibitory concentration),半数抑制浓度,是指被测量的拮抗剂的半抑制浓度。它能指示某一药物或者物质(抑制剂)在抑制某些生物程序(或者是包含在此程序中的某些物质,比如酶,细胞受体或是微生物)的半量。

在凋亡方面,可以理解为一定浓度的某种药物诱导肿瘤细胞凋亡50%,该浓度称为50%抑制浓度,即凋亡细胞与全部细胞数之比等于50%时所对应的浓度,IC50值可以用来衡量药物诱导凋亡的能力,即诱导能力越强,该数值越低,当然也可以反向说明某种细胞对药物的耐受程度。

AUC(area under concentration-time curve),血药浓度-时间曲线下面积。代表药物的生物利用度(药物活性成分从制剂释放吸收进入全身循环的程度和速度),AUC大则生物利用度高,反之则低。AUC 0-无穷大值药物从零时间至所有原形药物全部消除这一段时间的药-时曲线下总面积,反映药物进入血循环的总量。

GDSC癌症药物分析数据库

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  • [录制平台]Windows
  • [电脑配置]Win10 8G
  • [视频课时]9个课时
  • [课程总时长]139分钟
  • [脚本语言]Perl&R语言
  • [资料大小]417M
  • [视频格式]一机一码MP4
  • [视频发送]网盘发货QQ:2749657388