TCGA基础

• 可变剪切
• TCGA基础
• ceRNA
• COX回归
• TCGA临床
• 联合GTEx
• 甲基化
• SNP突变
• CNV拷贝数变异
• lncRNA批量
• miRNA批量
• ssGSEA
• ATAC

TCGA进阶

• 肿瘤免疫浸润
• 免疫基因预后
• 蛋白质
• 自噬lncRNA
• 糖酵解预后
• 自噬基因预后
• 肿瘤干细胞
• 免疫lnc
• 微环境
• RNAmeth多组学
• 甲基化分型
• TMB突变负荷
• 逻辑回归模型
• Cox模型验证
• 突变转录组
• miRNA预后模型

TCGA高阶

• 单基因meta
• 免疫lncRNA联合
• 免疫基因联合
• TMB联合免疫
• ceRNA联合免疫
• 肿瘤基因家族
• 增强子eRNA
• 微环境联合免疫
• 转录因子

TCGA精品套路

• 铜死亡
• 坏死性凋亡
• 淋巴结转移
• 蛋白质组学
• 机器学习
• 线粒体
• 单基因
• 泛癌panCancer
• 缺氧基因
• m6A
• 铁死亡套路
• 炎症反应
• 甲基化
• RNA编辑
• 单个lncRNA
• 内质网应激

GEO基础

• 机器学习
• 神经网络
• GEO基础
• GEO转录组
• 分子亚型
• 非肿瘤m6A
• WGCNA筛选
• 多芯片联合
• GEO单基因
• GEO免疫浸润
• 单细胞测序
• geoBatch联合分析
• 肿瘤微环境
• 环状RNA芯片
• 长非编码RNA
• miRNA芯片
• 甲基化免疫

GEO精品

• 自噬基因
• 多芯片联合
• 氧化应激
• 铜死亡
• 铁死亡
• 细胞通讯
• 双疾病联合

TCGA&GEO联合

• 铜死亡多组学
• 基因组不稳定性
• 免疫细胞共表达
• 泛凋亡
• WGCNA套路
• 脂肪酸代谢
• 细胞衰老
• 环状RNAceRNA
• 多芯片联合免疫
• GSVA基因集
• m6A分型
• 免疫基因对
• NMF分型
• 单细胞测序
• 免疫基因预后模型
• 细胞焦亡
• RNA结合蛋白
• 代谢基因
• 免疫分型

TCGA&GEO精品

• T细胞
• 铜死亡结合铁死亡
• 免疫联合代谢
• 成纤维细胞
• 失巢凋亡
• 巨噬细胞

生信数据库

• 网络药理学
• TCPA
• CPTAC
• exoRBase
• METABRIC
• SEER
• ICGC
• GTEx数据库
• CGGA
• ArrayExpress
• TARGET
• 甲基化
• lncRNA
• miRNA
• COSMIC数据库
• CCLE

生信基础

• 孟德尔随机化
• 功能分析
• 基因组可视化
• WGCNA
• R绘图

功能分析

• GO
• KEGG
• 共表达
• GSEA
• GSVA