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16s测序高级分析

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2人评论

小土豆

2017-11-10 10:02:58

适合小白的我学习,怪不得学姐说16s学习有难度,多了好几篇,现在操作熟练了

石头记

2017-11-05 16:17:26

学了16S基础分析,在学习这个高阶课程,讲得很好,分析可以得到图和结果,这才是最重要的

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16s高级分析 

 

PICRUSt可以通过16s测序获得的物种构成推测样本中的功能基因的构成,从而分析不同样本和分组之间在功能上的差异。

通过对宏基因组测序数据功能分析和对应16s预测功能分析结果的比较发现,次方法的准确性在84%-95%,对肠道微生物菌群和土壤菌群的功能分析接近95%,能非常好的反映样品中的功能基因构成。

PICRUSt分析过程

对原始16s测序数据的种属数量进行标准化,因为不同的种属菌包含的16s拷贝数不相同。

然后将16s的种属构成信息通过构建好的已测序基因组的种属功能基因构成表映射获得预测的功能结果。

STAMP

LEfSe分析

LEfSe分析即LDA Effect Size分析,可以实现多个分组之间的比较,还进行分组比较的内部进行比较分析,从而找到组间在丰度上有显著差异的物种(即biomaker)。

 

16s高级分析

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  • [录制平台]Win10
  • [电脑配置]8G内存
  • [视频课时]3个课时
  • [课程总时长]85分钟
  • [资料大小]2.1M
  • [视频格式]MP4
  • [视频发送]网盘发货