蛋白互作网络和共表达网络
主要内容:
蛋白互作网络的构建(String)
共表达网络构建
1、表达相关性
2、WGCNA
3、Cytoscape
如果是两个基因,可以直接使用表达相关性的方法,得到表达相关性
如果差异基因数目多,用WGCNA方法来做共表达
蛋白互作网络概念:
蛋白质的互相作用(PPI,Protein-protein interraction)是指蛋白质分子之间存在相互作用,可以从生物化学、信号转导和遗传网络的角度研究这种相关性
PPI网络中的每个节点代表一种蛋白质,节点之间有连线代表它们之间存在相互作用关系。圆圈代表基因,线条代表基因间存在相互作用,圆圈内部的结果代表蛋白的结构,线头颜色代表证明蛋白之间存在相互作用的不同证据。