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Cytoscape软件绘图操作课程

Cytoscape是一款生物信息绘图软件,功能强大,可以绘制非常美观大气的网络图片,如PPI蛋白互作网络,共表达网络,基因与基因之间的关系网络,Cytoscape软件包含很多包,可以直接做很多分析,比如GO富集网络分析

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cytoscape软件操作 

Cytoscape软件下载安装:

Cytoscape软件简介:Cytoscape是一款开源的网络显示和分析软件,软件的核心部分提供了网络显示、布局、查询等方面的基本功能。Cytoscape源自系统生物学,通过Cytoscape,用户可以在可视化的环境下将这些生物网络跟基因表达、基因型等各种分子状态信息整合在一起,还能将这些网络跟功能注释数据链接在一起。

Cytoscape的核心是网络(图),其中的节点(node)是基因、蛋白质或分子,其中的连接则是这些生物结构之间的相互作用。

基本概念:

互作网络节点(node):即相互作用的一个蛋白

节点的度(degree):表示与此蛋白相互作用的蛋白的个数,度的大小与此节点的核心性成正比,即依赖此节点的通路越多,它的核心性越大,度也就越大。

节点的边(edge):连接两个节点的线,代表了节点与节点的相互作用。

Network:整个网络图,我们的数据形成的网络图

下载、安装

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构建关系网络

Cytoscape蛋白互作网络构建

准备输入文件

调整网络节点位置

根据属性改变节点的形状、节点的颜色、节点的大小

改变边的颜色、标签字体大小、标签颜色

蛋白互作网络插件使用:

安装MCODE插件

使用MCODE插件

子网络

导出子网络

 

cytoscape软件操作

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  • Cytoscape软件绘图操作课程
    • 产品名称:Cytoscape软件绘图操作课程
    • 录制平台:Windows
    • 电脑配置:Win10 8G
    • 视频课时:4个课时
    • 课程总时长:55分钟
    • 脚本语言:Cytoscape软件
    • 资料大小:3M
    • 视频格式:一机一码MP4
    • 视频发送:网盘发货
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最有帮助的评价(1)

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  • 超爱
    匿名用户 2019-01-17 10:37:07

    简单易学,非常适合入门,这个软件可以画的图很多,还需要继续加深学习

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Cytoscape是一款生物信息绘图软件,功能强大,可以绘制非常美观大气的网络图片,如PPI蛋白互作网络,共表达网络,基因与基因之间的关系网络,Cytoscape软件包含很多包,可以直接做很多分析,比如GO富集网络分析

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